Qeveria është në borxh dhe me bizneset e mëdha. Ajo nuk ju ka rimbusuar TVSH-në disa kompanive dhe vlera ka shkuar në nivele alarmante. Deri në fund të tetorit 2018 borxhi i prapambetur i TVSH-së së parimbursuar arriti në 14.4 miliardë lekë, ku gjysma e shumës i përket gazëjsellësit TAP dhe një vlerë prej 2.5 miliardë lekë HEC-ve që po ndërtohen në lumin Devoll. Kurse 5 miliardë lekët e mbetura janë borxhe ndaj eksportuesve dhe kompanive të prodhimit të naftës. Sipas një raporti teknik për administratën tatimore publikuar FMN, sugjerohet se ashtu si administrata tatimore u kërkon bizneseve të paguajë tatimin kohën e duhur, po ashtu autoritetet tatimore kanë të njëjtin detyrim ndaj bizneseve për të dhënë rimbursimin në kohë. Pra të mos ju mbajnë paratë. 

Të tilla situata ndikojnë negativisht tek besimi i bizneseve ndaj administratës tatimore. Rimbursimi i TVSH ka çaluar për shkak të gabimeve të parashikimeve të të ardhurave nga ky tatim. Drejtoritë e tatimeve për shlyerjen e borxheve kanë bërë marrëveshje me këste me tre debitorët më të mëdhenj.
Misionet e shumta të FMN-së që nga dhjetori 2000 kanë folur mbi këtë problem të përsëritur dhe kanë dhënë këshilla lehtësuese. Po situata nuk është se ka ndryshuar shumë për sa kohë borxhi është tejet i lartë 14.4 miliardë lekë.